Nioh, assim como os jogos da franquia Souls, possui um modo cooperativo online, no entanto esse modo funciona de maneira diferente dos jogos da From Software.
O jogador pode criar uma sala com senha e invocar um amigo ou conhecido, porém, para isso, ele precisa ter finalizado a missão em que o jogador se encontra, para poder jogar.
Quando questionada pelo site Kotaku, a Team Ninja disse que a mudança foi feita para que o jogo não fosse demasiado fácil e os jogadores pudessem experimentar Nioh da maneira como foi desenvolvido. De relembrar que nas primeiras demos do jogo, o modo funcionava sem esse requisito.
Sendo assim, o estúdio tem como intenção “forçar” o jogador a jogar primeiro sozinho e enfrentar todos os desafios, para só depois chamar um amigo para uma segunda aventura naquele local.